辞退员工工资提成要一次性付清，公司不能无故扣除工资或绩效提成。公司可以在一定情况下辞退员工，但要有正当理由，并提前30天书面通知员工。如果公司未提前通知，应支付一个月平均工资的补偿金。员工应确保辞退原因不涉及出卖商业秘密或重大利益损害，否则公司可扣除部分工资。
法律分析
一、公司辞退员工工资提成要付清吗?
辞退员工工资提成要一次性付清，根据《工资支付暂行规定》：
第九条：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
第十八条：各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的;
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资的;
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
二、公司可以辞退职工的情形
1、员工有下列情形之一的，用人单位可以随时解除劳动合同：
(一)在试用期内被证明不符合录用条件;
(二)严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度;
(三)严重失职，营私舞弊，对用人单位利益造成重大损害;
(四)被依法追究刑事责任。
2、有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同，但是应当提前30日以书面形式通知员工本人：
(一)员工患病或者非因工负伤，医疗期满后，不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作;
(二)员工不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作;
(三)劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使原劳动合同无法履行，经当事人协商不能就变更劳动合同达成协议。但用人单位未提前30日通知员工的，应当支付该员工当年一个月月平均工资的补偿金。
公司在一定情况下可以单方面的辞退员工，可公司也不能再没有任何正当理由的情况下去扣除职工的工资或绩效提成。只不过，员工要确认自己被辞退的原因并不是出卖公司商业秘密或者给公司造成了重大利益损害的，因为这样公司是可以扣一部分工资的。
结语
根据《工资支付暂行规定》，公司辞退员工时，工资提成应一次性付清。若公司克扣或拖欠员工工资、拒不支付延长工作时间工资或低于最低工资标准支付工资，劳动行政部门可责令其支付工资、经济补偿及赔偿金。公司可以在试用期内、严重违纪、严重失职、刑事责任等情形下解除劳动合同。若员工患病、不能胜任工作或劳动合同基础发生重大变化，公司应提前30天书面通知员工，并支付补偿金。需要注意，公司扣除工资的情况需基于员工出卖商业秘密或对公司造成重大利益损害。
法律依据
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第四十一条 【经济性裁员】有下列情形之一，需要裁减人员二十人以上或者裁减不足二十人但占企业职工总数百分之十以上的，用人单位提前三十日向工会或者全体职工说明情况，听取工会或者职工的意见后，裁减人员方案经向劳动行政部门报告，可以裁减人员：
（一）依照企业破产法规定进行重整的；
（二）生产经营发生严重困难的；
（三）企业转产、重大技术革新或者经营方式调整，经变更劳动合同后，仍需裁减人员的；
（四）其他因劳动合同订立时所依据的客观经济情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行的。
裁减人员时，应当优先留用下列人员：
（一）与本单位订立较长期限的固定期限劳动合同的；
（二）与本单位订立无固定期限劳动合同的；
（三）家庭无其他就业人员，有需要扶养的老人或者未成年人的。
用人单位依照本条第一款规定裁减人员，在六个月内重新招用人员的，应当通知被裁减的人员，并在同等条件下优先招用被裁减的人员。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第三十九条 【用人单位单方解除劳动合同（过失性辞退）】劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第四十条 【无过失性辞退】有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；
（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；
（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
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