1、编制不同:公安派出所是地方编制,边防派出所是武警编制;
2、任务不同:公安派出所的主要任务是维护社会治安,开展社会治安综合治理,边防派出所的主要任务是以反走私、反偷渡,维护边境安全和国家利益为主要任务的;
3、经费来源不同:公安派出所的经费来源只要是地方政府拨款,边防派出所的的经费来源是由国家军费列支;
4、两者身份不同:公安派出所人员是国家公务员,边防派出所人员是现役军人。